UCSD共有10個學院以及19個獨立研究所：藝術及人文學院、生物科學院、工程學院、物理科學院、管理學院，以及國際政策及策略學院等等，其中也包括了世界聞名的聖地牙哥超級計算機中心。學校總共提供了超過125個主修科目，35個碩士學位以及47個博士學位。