紐約州立大學石溪分校共有11個學院，包含商學院、文理學院、海洋與大氣科學、衛生技術與管理學院、醫學、護理、口腔學院等。其中排名前面的科系包含生物化學、電腦科學、地質學、歷史及護理等。